Genome Enhancer

Release 3.0 is now out!

新しい時代へようこそ プレシジョン・メディスン

Genome Enhancerは、患者のオミックスデータを解析するための完全自動化されたパイプラインで、研究された病態の分子メカニズムを再構築することにより、有望な創薬ターゲットと対応する治療法を同定します。Genome Enhancerは、がん、神経変性疾患、感染症、糖尿病、代謝性疾患など、様々な疾患への応用が証明されています。

Genome Enhancerは、Genome Enhancer Expertソリューションとして、Genome Enhancerのマルチオミクスデータ処理用自動パイプラインとgeneXplain®プラットフォームの総合バイオインフォマティクスツールボックスの強力なシナジーを提供するリリース2.0以降も提供されています。Genome Enhancer Expertソリューションの詳細については、こちらをご覧ください。

Genome Enhancerは、geneXplain®プラットフォームのアカウントで直接ログインするか、新規アカウントに登録すると、数秒でこの素晴らしいツールをチェックできます。

Genome Enhancerは、プロモーターとパスウェイの統合解析であるUpstream Analysisを用いて、研究対象となる病態の創薬ターゲット候補を同定しています。 この解析の最初のステップでは、転写因子結合部位に関するTRANSFAC®データベースを用いて、発現または変異した遺伝子を制御する転写因子が同定されます。

第二段階では、哺乳類のシグナル伝達と代謝経路のデータベースTRANSPATH®を用いて、研究対象の病態に合わせたシグナル伝達ネットワークを構築し、同定された転写因子の共通のマスターレギュレーターを検索する。

マスターレギュレーターは、将来の創薬ターゲット候補です。これらは、研究された臨床例に治療効果をもたらすことができる化合物をさらに選択するために使用されます。このステップでは、HumanPSD™データベースを使用して、臨床試験でテストされた薬剤を同定します。ケムインフォマティクスツールPASSは、同定されたターゲットに影響を与える低分子を予測します。

最後に、Genome Enhancerは、特定の患者または患者グループに対して特定されたパーソナライズされた創薬ターゲットと、この場合に有効であると考えられる薬剤に関する包括的な分析レポートを作成します。このページの該当セクションで、Genome Enhancerのデモレポートを多数ご覧いただけます。

Genome Enhancerの解析スキーマの詳細については、このページで説明されています。 Genome Enhancerの無料トライアルまたは有償サブスクリプションの購入は、geneXplainストアにて受け付けています。

Key features

主な機能

Available solutions

利用可能なソリューション

Genome Enhancerは、Genome Enhancer Expertソリューションとしてリリース2.0から提供されています。Genome Enhancerのマルチオミクスデータ処理用自動パイプラインとgeneXplain®プラットフォームの総合バイオインフォマティクスツールボックスとの強力な相乗効果により、Genome Enhancer Expertは、マルチオミクスデータ処理用自動パイプラインとgeneXplain®プラットフォームの総合バイオインフォマティクスツールボックスとの間のシナジーを提供します。

Genome Enhancer Expertは、TRANSFAC®、TRANSPATH®、HumanPSD™データベースを接続したgeneXplain®プラットフォームの全機能を利用することが可能です。プラットフォームビューでは、Genome Enhancerから受け取った解析結果をさらに処理したり、マルチオミクスデータ解析のためにあらかじめ定義されたワークフローを作成、変更、使用したりすることができます。

Only three steps to launch the analysis

わずか4ステップで解析開始

入力データに応じて、差次的に発現または変異した遺伝子、それらの遺伝子を制御する転写因子、研究された病的プロセスの再構築されたシグナル伝達ネットワーク、潜在的な創薬ターゲットと対応する既知の薬剤、研究されたケースに有効な再利用薬剤、さらにケミコンピューで予測した薬剤様化合物のリストが含まれています。また、使用した解析手法と参考文献も掲載しています。

Acceptable input data formats

入力可能なデータ形式

Genome Enhancerが対応するゲノミクス、トランスクリプトミクス、エピゲノミクス、プロテオミクス
メタボロミクスの入力データ形式

Transcriptomics (RNA-seq, microarrays) *.txt, *.csv, *.xls (table with gene identifiers)
*.CEL (affymetrix)
*.txt (special agilent format)
*.txt (special illumina format)
*.fastq
Epigenomics (ChIP-seq) *.fastq
*.bam (hg38 only)
*.bed (hg38 only)
*.txt (table with illumina methylation probe ids, cg*)
Genomics *.vcf
*.txt, *.csv, *.xls (table data with SNP identifiers, rs*), *.tsv
*.fastq
Proteomics *.txt, *.csv, *.xls (table with protein identifiers)
Metabolomics *.txt, *.csv,
*.xls (table with the list of metabolites from chebi database, e.g. CHEBI:57316)

Files of one data format can be uploaded in a .zip archive

What we offer

私たちが提供するもの

Multi-omics analysis

ゲノミクス、トランスクリプトミクス、メタボロミクス、プロテオミクス、エピゲノミクスデータを1回の解析で使用し、統合レポートを受け取ることができます。

Personalized medicine

患者さんのオミックスデータを解析し、創薬ターゲットと治療法を特定する。

Drug target identification

Genome Enhancerは、病態で活性化するシグナル伝達経路の複雑なネットワークを再構築し、その主要な制御因子を同定します。

Easy interface

解析の完全自動化により、バイオインフォマティクスの知識がなくても医師や生物学者が利用できるようになった。

Scientific base

プロモーター・エンハンサー解析とパスウェイ再構築の統合により、他の追随を許さない疾患分子メカニズムモデリング精度を実現。

Report examples

レポート例

Genome Enhancerが作成する様々な解析レポート
様々な種類のデータを元にした疾患解析例

分野 入力データ 結果
Genomics VCF Colorectal Cancer (Personalized patient data)
Genomics VCF MTB (Molecular Tumor Board) report example for colorectal cancer patient
Transcriptomics FASTQ Esophageal Squamous Cell Carcinoma (GSE32424)
Transcriptomics LogFC Table IFN-alpha induction (GSE31193)
Metabolomics Table Lung cancer, treatment by TGF (ST000010)
Transcriptome + Proteome RNA-seq + Mass-spec proteomics Osteosarcoma, neoplasm metastasis (GSE66789)
Transcriptomics + Epigenomics SNP list Ovarian cancer, cisplatin-resistance (GSE15709)
Genomics SNP list SNP associated with Diabetes Mellitus
Transcriptomics LogFC Table Parkinson disease, induced a-Syn expression in SH-SY5Y cells (GSE145804)
Genomics VCF Non-Small Cell Lung Carcinoma (NCI-H1975)
Genomics VCF MTB (Molecular Tumor Board) report example for non-small cell lung carcinoma (NCI-H1975)
Epigenomics cg lists Hypertension (GSE157131)

Videos

動画

Genome Enhancerの機能と活用について

References

参考文献

Disclaimer

免責事項

The results of Genome Enhancer analysis, contained in any of the reports produced by this pipeline, are intended for research use only and should not be used for medical or professional advice. GeneXplain GmbH makes no guarantee of the comprehensiveness, reliability or accuracy of the information contained in the reports generated by Genome Enhancer.

Decisions regarding care and treatment of patients should be fully made by attending doctors. The predicted chemical compounds listed in the reports are given only for doctor’s consideration and they cannot be treated as prescribed medication. It is the physician’s responsibility to independently decide whether any, none or all of the predicted compounds can be used solely or in combination for patient treatment purposes, taking into account all applicable information regarding FDA prescribing recommendations for any therapeutic and the patient’s condition, including, but not limited to, the patient’s and family’s medical history, physical examinations, information from various diagnostic tests, and patient preferences in accordance with the current standard of care. Whether or not a particular patient will benefit from a selected therapy is based on many factors and can vary significantly.

The compounds predicted to be active against the identified drug targets in the reports are not guaranteed to be active against any particular patient’s condition. GeneXplain GmbH does not give any assurances or guarantees regarding the treatment information and conclusions given in the reports. There is no guarantee that any third party will provide a refund for any of the treatment decisions made based on these results. None of the listed compounds was checked by Genome Enhancer for adverse side-effects or even toxic effects.

The analysis reports contain information about chemical drug compounds, clinical trials and disease biomarkers retrieved from the HumanPSD™ database of gene-disease assignments maintained and exclusively distributed worldwide by geneXplain GmbH. The information contained in this database is collected from scientific literature and public clinical trials resources. It is updated to the best of geneXplain’s knowledge however we do not guarantee completeness and reliability of this information leaving the final checkup and consideration of the predicted therapies to the medical doctor. In all cases, the end user (including researchers and medical doctors) accepts full responsibility for all risks associated with using of information, contained in the reports generated by Genome Enhancer.

The scientific analysis underlying the Genome Enhancer reports employs a complex analysis pipeline which uses geneXplain’s proprietary Upstream Analysis approach, integrated with TRANSFAC® and TRANSPATH® databases maintained and exclusively distributed worldwide by geneXplain GmbH. The pipeline and the databases are updated to the best of geneXplain’s knowledge and belief, however, geneXplain GmbH shall not give a warranty as to the characteristics or to the content and any of the results produced by Genome Enhancer. Moreover, any warranty concerning the completeness, up-to-dateness, correctness and usability of Genome Enhancer information and results produced by it, shall be excluded.

The results produced by Genome Enhancer, including the analysis reports, severely depend on the quality of input data used for the analysis. It is the responsibility of Genome Enhancer users to check the input data quality and parameters used for running the Genome Enhancer pipeline.

Note that the text given in the reports is not unique and can be fully or partially repeated in other Genome Enhancer analysis reports, including reports of other users. This should be considered when publishing any results or excerpts from the reports. This restriction refers only to the general description of analysis methods used for generating the reports. All data and graphics referring to the concrete set of input data, including lists of mutated genes, differentially expressed genes/proteins/metabolites, functional classifications, identified transcription factors and master regulators, constructed molecular networks, lists of chemical compounds and reconstructed model of molecular mechanisms of the studied pathology are unique in respect to the used input data set and Genome Enhancer pipeline parameters used for the current run.

Contact

E-mail:otoiawase@kazusagt.com