BRENDA
Unique in quality, depth and coverage of the relevant contents.
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BRENDAは、酵素と酵素リガンドデータに関する最も包括的な情報リポジトリです。BRENDA酵素情報システムは、様々なソースから得られた酵素および酵素リガンド情報を、柔軟なクエリーシステムと評価ツールと組み合わせて、精巧なシステムへと発展させました。BRENDAは、ドイツ・ブラウンシュヴァイク工科大学の生化学・バイオインフォマティクス研究所によって開発・維持されている。酵素の機能に関するデータは一次文献から手作業で抽出され、テキストおよびデータマイニング、データ統合、予測アルゴリズムによって補完されています。
キュレーションプロセスは、このユニークなデータベースのコンテンツの品質、深さ、網羅性を最大限に確保するように設計されています。形式的なチェックと一貫性のチェックは、精巧な計算パイプラインによって行われている。BRENDAのすべての酵素は、触媒する生化学的反応に従って分類され、対応する酵素委員会(Enzyme Commission)の番号が割り当てられている。反応速度論は詳細に記述されています。BRENDAの直感的なユーザーインターフェースは、高速な全文検索、高度な複合検索、配列や部分構造による検索など、さまざまなクエリーをサポートしています。コンテンツは、Taxonomic Tree、Enzyme class、Genome、Ontology Explorerで容易にブラウズすることができます。
チトクロムcオキシダーゼ触媒反応の反応スキーム。
構造
BRENDAのデータソースは主に3つの領域から構成されています。テキストマイニングデータ、マニュアルアノテーション、外部データベースとオントロジーの3つの領域から構成されています。
FRENDA（酵素名＆生物名）、AMENDA（酵素名＆生物名＆出現頻度）、DRENDA（疾患関連酵素データ）、KENDA（動力学データ）はテキストマイニングデータによりBRENDAコアを補完するものです。また、UniProt、PDB、MetaCyc、ChEBI、KEGG、EMBL、NCBIのTaxonomy Browserなどの外部データベースとの相互参照により、BRENDAをさらに拡張しています。
主な機能
Enzyme and enzyme-ligand information is obtained from different sources, combined with flexible query systems and evaluation tools.The data are acquired by manual extraction from primary literature, text and data mining, data integration, and prediction algorithms.The manually derived core contains >3 million data points about >77,000 enzymes annotated from >150,000 publications. BRENDA comprises molecular data from more than 30,000 organisms.Each entry is linked to its publication source and the organism of origin. The entries are supplemented by information on occurrence, enzyme / disease relationships from text mining, sequences and 3D structures from other databases, and predicted enzyme location and genome annotation.The human anatomy atlas CAVEman is linked to the BRENDA Tissue Ontology terms connecting functional enzyme data with their anatomical location.
Word Maps for enzymes generated from PubMed abstracts highlight application and scientific relevance of enzymes. The EnzymeDetector genome annotation tool and the reaction database BKM-react including reactions from BRENDA, KEGG and MetaCyc.BRENDA is the most comprehensive information repository on enzymes with 8,149 EC numbers (January 2021). Thereof 7,787 EC numbers are considered active while others are preliminary or retired and just kept for documentary purpose.
メリット
酵素データに関する世界最大の手動キュレーションデータベース（注釈付き300万データポイント以上）にアクセスできます。プロテオミクス初心者からエキスパートまで、目的のデータを容易に検索できるBRENDAの直感的なインターフェースを体験してください。 KEGG、UniProt、MetaCyc、EMBL、NCBI などの他の主要なデータベースと相互参照できます。 分子生物学、生化学、医学、バイオテクノロジーのほぼ全分野の重要な情報を指先ひとつで見つけることができます。
情報ダウンロード
最近のアプリケーション
Singh, P.K., et al. (2020) Exploring RdRp–remdesivir interactions to screen RdRp inhibitors for the management of novel coronavirus 2019-nCoV. SAR QSAR Environ. Res. 31, 857–867.
open_in_newKhurshid, G., et al. (2020) A cyanobacterial photorespiratory bypass model to enhance photosynthesis by rerouting photorespiratory pathway in C3 plants. Sci. Rep. 10, 20879.
open_in_newBartman, C., et al. (2017) Factors influencing the development of visceral metastasis of breast cancer: A retrospective multi-center study. Breast 31, 66-75.
open_in_newBrunk, E., et al. (2016) Systems biology of the structural proteome. BMC Syst. Biol. 10, 26.
open_in_newWei, Y., et al. (2015) Insight into Dominant Cellulolytic Bacteria from Two Biogas Digesters and Their Glycoside Hydrolase Genes. PLoS One 10, e0129921.
open_in_newTagore, S., et al. (2014) Analyzing methods for path mining with applications in metabolomics. Gene 534, 125-138.
open_in_newMayer, G., et al. (2014) Controlled vocabularies and ontologies in proteomics: Overview, principles and practice. Biochim. Biophys. Acta 1844, 98-107.
open_in_newRanjan, S., et al. (2013) Computational approach for enzymes present in Capsicum annuum: A review. Int. J. Drug Dev. & Res. 5, 88-97.
open_in_new出版物
Schomburg I., Jeske L., Ulbrich M., Placzek S., Chang A., Schomburg D. (2017) The BRENDA enzyme information system – From a database to an expert system. J. Biotechnol. 261, 194-206.
open_in_newPlaczek S., Schomburg I., Chang A., Jeske L., Ulbrich M., Tillack J., Schomburg D. (2017) BRENDA in 2017: new perspectives and new tools in BRENDA. Nucleic Acids Res. 45, D380-D388.
open_in_newChang A., Schomburg I., Placzek S., Jeske L., Ulbrich M., Xiao M., Sensen C.W., Schomburg D. (2015) BRENDA in 2015: exciting developments in its 25th year of existence. Nucleic Acids Res. 43, D439-D446.
open_in_newSchomburg I., Chang A., Placzek S., Söhngen C., Rother M., Lang M., Munaretto C., Ulas S., Stelzer M., Grote A. Scheer M., Schomburg D. (2013) BRENDA in 2013: integrated reactions, kinetic data, enzyme function data, improved disease classification: new options and contents in BRENDA. Nucleic Acids Res. 41, 764-772.
open_in_newGremse M., Chang A., Schomburg I., Grote A., Scheer M., Ebeling C., Schomburg D.(2011) The BRENDA Tissue Ontology (BTO): the first all-integrating ontology of all organisms for enzyme sources. Nucleic Acids Res. 39, D507-D513.
open_in_newBarthelmes J., Ebeling C., Chang A., Schomburg I., Schomburg D. (2007) BRENDA, AMENDA and FRENDA: the enzyme information system in 2007. Nucleic Acids Res. 35, D511-D514.
open_in_newSchomburg I., Chang A., Hofmann O., Ebeling C., Ehrentreich F., Schomburg D., (2002) BRENDA: a resource for enzyme data and metabolic information. Trends Biochem. Sci. 27, 54-56.
open_in_newSchomburg, I., Chang, A., Schomburg, D., (2002) BRENDA, enzyme data and metabolic information. Nucleic Acids Res. 30, 47-49.
open_in_newSchomburg, D., Schomburg, I. (2001) Springer Handbook of Enzymes. 2nd Ed. Springer, Heidelberg.
open_in_newSchomburg, I., Hofmann, O., Baensch, C., Chang, A., Schomburg, D., (2000) Enzyme data and metabolic information: BRENDA, a resource for research in biology, biochemistry, and medicine. Gene Funct. Dis. 3-4, 109-18.