geneXplain platform
The comprehensive bioinformatics platform, also available as Java API
The comprehensive bioinformatics platform, also available as Java API
geneXplainプラットフォームは、バイオインフォマティクスおよびシステムバイオロジーの広範なアプリケーションのためのオンラインツールボックスおよびワークフロー管理システムです。個々のモジュール（Brick）は、標準化されたインターフェースの下で統一されており、一貫したルック＆フィールを持ち、包括的なワークフローに柔軟に組み合わせることができます。ワークフローの管理は、シンプルなドラッグ＆ドロップ方式で直感的に行うことができます。このシステムにより、あらかじめ定義されたワークフローを編集したり、独自のワークフローをゼロから構成することができます。
独自のBrickはスクリプトやプラグインとして簡単に追加でき、既存の解析と組み合わせて使用することができます。 GeneXplain GmbHが提供する最先端のBrickは、無料で入手できるものもあれば、この分野で急速に発展しているノウハウに積極的に対応するため、少額のライセンス料で入手できるものもあります。
スタートページでは、さまざまなアプリケーション領域に簡単にアクセスできます。
主な機能
このプラットフォームでは、パブリックドメインや商用を問わず、複数のデータベースや解析ツールを統合的に利用することができます。これらを柔軟に組み合わせて、カスタマイズされた解析を設計することができます。
実績のあるワークフローが急速に増えているため、プラットフォームとその複雑な解析機能への迅速かつ容易なアクセスが可能です。入力フォームはシンプルでユーザーフレンドリー。ワークフローはニーズに合わせて簡単にカスタマイズできます。
このプラットフォームは、制御ゲノム領域の最先端の解析と高度なパスウェイ解析を組み合わせた、完全に統合されたアップストリーム解析を提供します。
JavaScriptやRで書かれたユーザー独自のスクリプトをプラットフォームに直接追加し、即座に実行することができます。既存の解析と組み合わせたり、ワークフローの一部とすることも可能です。
NGSデータ解析に対応したプラットフォームです。in vivoの転写因子結合部位やメチル化結果を含むChIP-seqデータセットは、既製のワークフローを利用して解析することができます。RNA-seqのデータ解析をサポートするGalaxyツールなど、様々な機能が統合されています。
このプラットフォームには、微分方程式系を実行し、結果を可視化するシミュレーション・エンジンが含まれています。パラメータ最適化、パラメータフィッティング（発現データに基づく）、階層的モデリングをサポートしています。
自分のデータや結果をプロジェクトの他のメンバーと共有する。データセットで一緒に作業しながら、何をしているのか話し合う。
主な機能
新しい手法
動画
Genome Enhancerの様々な側面を紹介するビデオをご覧いただけます。
