TRANSPATHは、遺伝子／分子と反応に関する情報を複数の階層にしたがって整理しています。その洗練された構造により、科学的に最も優れたコンセプトのパスウェイリソースとして、多目的な使用に適しています。また、パスウェイデータの豊富なコーパスは、パブリックドメインと商用ソースを問わず、すべて専門家が手作業でキュレーションしています。
個々の反応は、すべての反応パートナーや、発表された実験で報告された各分子の分類学的起源（「分子的証拠レベル」）を含む、厳密に機械論的な方法で、すべての実験の詳細とともに文書化されています。ある経路ステップのすべての証拠は、より包括的で完全な画像を提供するために蓄積される（「経路ステップレベル」）。その上で、重要な構成要素のみに焦点を当て、メカニズムの詳細や豊富な低分子は省略した意味的なビューが提供されます（「意味的な投影」）。
分子とその反応から、完全なネットワークとパスウェイが構築される。原著論文に記載された情報の不均一性を考慮し、TRANSPATHはタンパク質分子を以下の基準で透明かつ正確に区別している。
- their relatedness within one genome
- Information can be specifically retrieved regarding (a) specific individual proteins, (b) all products of a certain gene (isoforms), (c) different family relation levels (e.g., paralogs);
- their relatedness between different genomes (orthology)
- their association and modification status (a) protein complexes are specified with their exact composition; (b) post-translational modifications are given with their exact positions in the protein.