TRANSFAC 2.0
The gold standard in the area of transcriptional regulation.
The gold standard in the area of transcriptional regulation.
TRANSFAC®を転写制御の包括的な辞典としてご利用いただくことも、MATCH SuiteツールまたはgeneXplainプラットフォームと組み合わせて、潜在的なTFBSを同定するためのツールとして利用いただくこともできます。 真核生物の転写因子とそのゲノム結合部位並びにDNA結合プロファイルデータベースのTRANSFAC®は、この分野のゴールドスタンダードです。ライブラリに含まれる位置特異的重み行列(PWM)は、ゲノム配列上の転写因子結合部位(Transcription Factor Binding Sites(TFBS))の包括的解析に欠かせません。
TRANSFAC® 2.0にはこれまで多くの方々に愛用されているMATCHツールを大幅に機能拡張した、新しいMATCH Suiteツールをバンドルしました。
構造
TRANSFAC®のコアは、2つのドメインの内容で構成されています。一つは、プロモーターやエンハンサーにあるTFの結合部位を説明するものです。もう一つは、結合タンパク質(TF)を記述しています。 同じTFを参照する結合部位は、位置の重み付け行列にマージされます。このマトリックスは、各ヌクレオチドがこのTFの結合部位の各位置に見出される頻度を反映し、したがって各位置における塩基の嗜好性を反映している。 転写因子は、そのDNA結合ドメインの一般的な特性に基づいて、クラスに分類される。この初期の試みは、包括的な転写因子分類へと拡大され、その最新版はこちらで見ることができる。
主な機能
Interlinked reports connecting transcription factors, their experimentally-characterized binding sites and regulated genes, as well as promoter reports with mapped annotated TF-binding sites and high-throughput data (ChIP-seq etc.)
Enhancer reports displaying genes with which promoters the enhancer interacts, tissues and cell types/lines the enhancer is active in, and genomic regions such as histone modification sequences, DNase I hypersensitivity sites, and transcription factor binding sites that overlap with the enhancer. More than 70,000 site reports containing details from the primary literature for more than 300 species, with a focus on human, mouse, rat, yeast, and plants. More than 48,000 transcription factor (and 1,700 miRNA) reports, a subset of which provide GO functional assignments, disease associations and expression pattern assignments. More than 68,000 manually annotated transcription factor–site interactions; plus more than 74,000 miRNA-target site interactions.
More than 2,000 high-throughput TFBS ChIP experiment reports comprising 91M transcription factor bound fragments/intervals, many of which have been annotated with the best-scoring binding site and neighbouring genes, as well as 161 DNase hypersensitivity ChIP-Seq experiments comprising 15M fragments and 1M histone modification fragments.
More than 10,000 positional weight matrices, to be used by MatchTM, FMatch, CMsearch and a number of geneXplain bricks to predict TF binding sites.
More than 360,000 promoter reports for human and nine other organisms, including transcription start sites, CpG islands, single nucleotide polymorphisms (SNPs) and various other annotations. Including tools for TF-binding site prediction, de novo motif identification, matrix comparison and miRNA regulator identification.
メリット
転写因子やエンハンサー、それらにより制御される遺伝子、ChIP Sequencing解析等の情報、それらの根拠となる実験等に関する情報の参照が容易です。 DNA配列内の転写因子結合部位予測を、TRANSFACの位置特異的重み行列(PWM)のライブラリや手元のPWMを利用することで行えます。 独自の転写制御ネットワークが構築できます。 geneXplainプラットフォームと組み合わせて、TRANSFACの位置特異的重み行列(PWM)のライブラリを活用することも可能です。目的の遺伝子を制御している転写因子の同定もMATCH Suiteツールの自動解析機能を利用することで行えます。
レポート例
TRANSFAC®2.0に含まれる様々なレポート
動画